Ο Β’ Παθολογικός Τομέας του Ιπποκράτειου Γενικού Νοσοκομείου Θεσσαλονίκης απαρτίζεται από τις ακόλουθες κλινικές, τμήματα ή μονάδες :
- Νευρολογικό Τμήμα ΕΣΥ
- Παιδοογκολογικό Τμήμα ΕΣΥ
- Α’ Παιδιατρική Κλινική Α.Π.Θ.
- Γ’ Παιδιατρική Κλινική Α.Π.Θ.
- Α’ Νεογνολογική Κλινική Α.Π.Θ. & ΜΕΝΝ
- Νεογνολογικό Τμήμα & ΜΕΝΝ ΕΣΥ
- ΜΕΘ Παίδων ΕΣΥ
- Μονάδα Μεσογειακής Αναιμίας & Δρεπανοκυτταρικής Νόσου
- Πνευμονολογικό Τμήμα ΕΣΥ
- Νοσοκομείο Αφροδισίων και Δερματικών Νοσημάτων (ΝΑΔΝ)