Τα όργανα διοίκησης του Νοσοκομείου είναι:
1. Το Ενιαίο Συλλογικό Όργανο Διοίκησης, που λειτουργεί με βάση τις διατάξεις του άρθρου 66 παρ. 11 του Ν. 3984/2011, όπως ισχύει.
2. Ο κοινός Διοικητής του Νοσοκομείου.
3. Ο κοινός Αναπληρωτής Διοικητής του άρθρου 69 της παρ. 1 του Ν. 3918/11, όπως ισχύει, όταν ορίζεται.